3年間かけて理系学部への進学に備える薬学理系コース。2年次からそれぞれの進路に合わせてコースを選ぶ普通コース。ＭＪでは卒業後の進路を見据えたコース制を採用しています。クラブ活動や学校行事との両立がしやすい総合進学（普通コース）から、難関大学への進学をも視野にいれた選抜・文理（普通コース）、薬学理系コースまで、特色のあるカリキュラムで、それぞれの生徒の夢をサポートしてます。　　(クリックすると拡大図が表示されます)

１．人間成就の教育
私たちの教育理念は、生徒を「明るい知性」を持った女性に育てること。単に点数がよいということではなく、生徒が「目標」を持ち、「賢さ」と「行動力」を身につけ、人間としての「知恵」を高められるよう指導しています。

2．コース制
普通コースの生徒は高1次に選抜試験を受け、進路に応じたコース（選抜文・理／総合進学）に進みます。高2からの各コースは、それぞれ将来の進学先を見据えたカリキュラムになります。

3．習熟度別授業
普通コースの高1の英語、数学で習熟度別（グレード別）授業を行っています。原則的に学期の成績によってグレードを入れ替えており、「より上のクラスを」という思いが生徒のモチベーションアップにつながっています。

4．高校からの入学者専用のクラス
普通コースの高1のクラスは、高校から入学した生徒のみで編成されています。中学から入学した生徒とのバランスを考えつつ、高2からスムーズに合流できるよう配慮した授業を行っています。

5．選択授業
学年が進むにつれ選択授業が多くなります。特に高3では、20種類の授業の中から最大8単位を選択する自由選択科目を採り入れています。各自の目指す進路に合わせた時間割りを組むことが出来ます。

6．宗教教育
ＭＪでは総合学習の時間として宗教の授業を行っています。仏教にまつわる行事も数多くあり、朝には朝拝を実施しています。縁あってＭＪに入学したからには、少しでも多く仏教の教えに触れ、心を育んでもらいたいと思っています。

7．充実の講習授業
ＭＪの「講習」は生徒の要望に応える形で、もしくは教師が希望者を募って実施しています。「講習」は夏休みや冬休みに行われており、本学の教師が行う講義の他、駿台予備校の講座も用意され、多くの生徒が参加しています。

高2からの選抜文・理コースは、難関大学の文系・理系学部を目指す生徒に適したコースです。このコースはさらに文系、理系の2つに分かれ、それぞれの進学に合わせた時間割りを組んでいます。文系は英語の授業を他のコースよりも多く配分しています。理系は数学、理科を重視したカリキュラムになっています。　
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[英語]
私たちが重視しているのは「各自のペース」。本当の力を養うためには現在の実力を知り、無理な背伸びをしない範囲で取り組むことが必要です。消化不良にならない「質」と「量」を見極め、基礎をしっかりと固めます。本当の英語力は基礎の上に知識を積み重ねていく中で習得できると考えています。
選抜コースの特徴は「プラスα」。他コースと同じテキストを使っている授業においてもう一歩内容に踏み込み、受験対応力を養うための演習も行っています。この「プラスα」には受験勉強のヒントが詰まっており、ヒントは日々の授業の中で提示されます。生徒にはそれらを自分なりに分析し消化する積極的な姿勢が求められます。各自で到達目標を設定し、それぞれが納得のいく方法で学習に取り組むことが必要です。

21世紀の科学は生命科学の時代です。女性がこの分野にもっと興味を持ち、科学の発展に大きく貢献してもらいたいと考え、ＭＪでは高1年次からの薬学理系コースを設置しています。このコースでは、理系の科目を中心に、難関大学理系学部と薬学部受験に対応した指導を行っており、その特色を出すために3年間クラス替えや、コース変更を行いません。　(クリックすると拡大図が表示されます)


[数学]
高3の前期までにすべての内容を終了する計画を立てているので、1週間のうち1日は7時間目の授業として、また、長期休暇中は特別に授業形態での講習を行っています。他のコース以上に家庭学習も重要で、高1では平均2～3時間、学年が進めばそれ以上のものが要求されるようになり、学習量だけでなくその質も徐々に高まっていきます。

[理科]
理論的に裏づけのある実験でも、時には理論とは違った結果になる場合もあります。目に見えないことを多く扱う中で、さまざまな観点から物事を見つめ、検証することが必要です。3年間のゆとりある時間の中で、基礎となる理論だけを学び、問題演習をしていくのではなく、2人1組などの少人数で実験を行い、科学的な力を身につけて欲しいと思います。

[併設校である武蔵野大学の講座を履修できる高大連携制度]
高3年次に武蔵野大学薬学部の講座を履修することができ、同学部に進学した場合には武蔵野大学の単位として認定されます。これにより大学進学後も余裕ができ、薬剤師国家試験への対応に多くの時間を割くことができます。

[併設校である武蔵野大学への優先入学・優遇制度]
3年間の成績に基づき、武蔵野大学薬学部への優先入学（15名・無試験）できる制度があります。また難関大学への受験も可能な優遇制度も設定されており、安心して理系学部の受験に取り組むことができます。